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幾分鐘嘗出17種水污染物,這種檢測平臺的“味蕾”來自細菌
導(dǎo) 讀
檢測水質(zhì)也能像妊娠檢測一樣快速、便捷、準(zhǔn)確?
日前,一項由美國西北大學(xué)的研究人員領(lǐng)導(dǎo)開發(fā)的新技術(shù)成果發(fā)表在《自然·生物技術(shù)》上,這項技術(shù)通過一個手持式平臺,只需幾分鐘,就可以檢測水質(zhì)中包括有毒金屬、藥品、化妝品和清潔洗滌品等在內(nèi)的17種不同污染物。當(dāng)檢測到污染物超過美國環(huán)保署(EPA)公布的標(biāo)準(zhǔn)時,它就會發(fā)出綠光。
天津大學(xué)化工學(xué)院教授齊浩介紹,這項看似便捷、簡單的新技術(shù),背后離不開人類改造自然能力的巨大提升。這項新技術(shù)依托無細胞合成生物學(xué)技術(shù),通過工程化設(shè)計,操控超過百種生物分子,讓它們協(xié)同工作,最終實現(xiàn)污水監(jiān)測的目的。
破碎細胞膜,設(shè)計細胞更方便
“這個檢測污染物的‘試紙’很有意思,看似和‘驗孕棒’的使用方法一樣,其實它完全超越了傳統(tǒng)試紙的生化體系,制備方法比傳統(tǒng)試紙復(fù)雜得多?!饼R浩解釋說,研究團隊使用了來自細菌細胞的分子機器,他們將細菌用于品嘗水中小分子的“味蕾”從細胞中取出,然后將它們設(shè)計重組。這些經(jīng)過重新編程的“味蕾”在冷凍干燥后,變得耐儲藏,可以做成“試紙”方便使用。
“這項技術(shù)主要是利用了無細胞合成生物學(xué)。合成生物學(xué)技術(shù)主要還是以細胞為底盤進行工程化設(shè)計。但是對細胞進行工程化設(shè)計是費時和困難的。”齊浩介紹,由于活細胞生命系統(tǒng)的復(fù)雜性、基因元件難以標(biāo)準(zhǔn)化、細胞膜的阻礙等,細胞的生長及適應(yīng)性過程通常與工程設(shè)計目標(biāo)不一致,生產(chǎn)出大量無效產(chǎn)物,大大限制了對生物組件的改造。
“我們要想用人工的設(shè)計,實現(xiàn)更多的人工目的,就要打破細胞的束縛。無細胞合成生物學(xué)就是利用細胞資源,破碎細胞膜,從細胞中取出包括DNA、RNA和蛋白質(zhì)在內(nèi)的分子元件,然后重新編程,以執(zhí)行新的任務(wù)。也就是在體外開放體系中,實現(xiàn)基因轉(zhuǎn)錄、蛋白質(zhì)翻譯和代謝過程。”齊浩解釋,細胞就像一臺電腦,電腦中的主板、聲卡、顯卡等元件各有各的用處。我們在了解了每個元件的用途后,把電腦拆開,把各個原件分解出來,可以按照我們自己的目的運用各個元件的功能,加工改造生產(chǎn)出更多的產(chǎn)品。
“無細胞合成生物學(xué)是更加微觀的技術(shù),進入了細胞的內(nèi)部,在分子層面進行工程改造,來達成我們設(shè)定的目的。”齊浩介紹,這個改造工程是個龐大的體系,像這個污染物監(jiān)測技術(shù),就是通過高靈敏性RNA聚合酶、變構(gòu)蛋白轉(zhuǎn)錄因子和合成的DNA轉(zhuǎn)錄模板相結(jié)合,可調(diào)節(jié)熒光激活RNA適配體的合成,使污染物的存在誘導(dǎo)這種適配體的轉(zhuǎn)錄,從而導(dǎo)致熒光信號產(chǎn)生。
發(fā)展迅猛,研究領(lǐng)域非常廣泛
“當(dāng)人們能把細胞里各種分子機器運用自如時,就已經(jīng)比只能利用整個細胞的技術(shù)前進了一大步。”齊浩介紹,其實早在20世紀(jì)50年代,科研人員就已經(jīng)發(fā)現(xiàn)細胞合成蛋白的核心機制,并且發(fā)現(xiàn)把細胞膜破碎掉以后,得到的細胞質(zhì)也具有蛋白合成的能力。從此以后,研究人員開始展開蛋白合成的研究,確立了制備方式、實驗的基本步驟。
但無細胞基因表達的轉(zhuǎn)化潛力卻受到多種限制,包括蛋白質(zhì)合成產(chǎn)量低且可變,反應(yīng)持續(xù)時間短和反應(yīng)規(guī)模小。然而,在過去的20年中,合成生物學(xué)研究人員逐漸擺脫了無細胞基因表達潛力的束縛,實驗室中的研究有了新突破,帶來了更高效率和更大應(yīng)用范圍。除了使用微生物,也開始用植物、哺乳動物的細胞做培養(yǎng)細胞,還開發(fā)了很多真核細胞的系統(tǒng)。與此同時,蛋白質(zhì)合成量隨著制備工藝的發(fā)展,也越來越大。
“無細胞合成生物的研究領(lǐng)域非常廣,無細胞的蛋白表達系統(tǒng)是其主要的研究方向之一。”齊浩介紹,此次污染物監(jiān)測就利用了這個系統(tǒng),從大腸桿菌中取出小分子水平的“味蕾”部分,設(shè)計成針對某種蛋白的表達系統(tǒng)。同時顯現(xiàn)出的綠色熒光,也是通過表達一種熒光蛋白實現(xiàn)的。
“還可以用上千條不同序列的DNA組成各種不同的納米結(jié)構(gòu),這也屬于無細胞合成生物技術(shù)領(lǐng)域;在代謝工程中,通過無細胞合成生物技術(shù),可以把各種代謝酶純化出來,放在一個系統(tǒng)里,通過不同的生化反應(yīng)環(huán)境,讓這些蛋白協(xié)同合作,完成一個復(fù)雜的化學(xué)物質(zhì)的代謝過程?!饼R浩介紹。
“此外,無細胞合成生物技術(shù)還有一個重要的研究領(lǐng)域,就是超越自然界,創(chuàng)造自然界沒有的東西?!饼R浩解釋說,我們知道,蛋白質(zhì)是由20種天然的氨基酸合成的,而無細胞合成生物技術(shù)可以人工合成新的氨基酸。比如基因折紙的技術(shù),通過人工設(shè)計DNA上的分子序列,把DNA折成字母、二維、三維等任意結(jié)構(gòu)。這種折紙技術(shù)在細胞內(nèi)無法實現(xiàn),而應(yīng)用了無細胞合成生物技術(shù),就能造出自然界從來沒有的物質(zhì)。
前景廣闊,但離真正應(yīng)用還有距離
“雖然無細胞合成生物技術(shù)近些年的發(fā)展突飛猛進,而且應(yīng)用前景廣闊,但是在此次美國西北大學(xué)發(fā)布的這個污染物監(jiān)測的項目之前,它更多是作為科研的手段和工具?!饼R浩介紹,實驗室、制藥公司會用無細胞合成生物技術(shù)合成蛋白表達工具,快速簡便。因為在此技術(shù)之前,要得到一種蛋白,需要分離純化,需要花費很長時間。而應(yīng)用這項技術(shù),可以在很短的周期內(nèi),得到科研人員想要研究的蛋白,因此常常被作為生物藥物篩選研發(fā)技術(shù)。
“利用類似技術(shù),實現(xiàn)了高靈敏度的病毒檢測,比核酸檢測更靈敏,區(qū)分精準(zhǔn)度更高,曾經(jīng)被制成檢測寨卡病毒的檢測試劑。其實蛋白藥、疫苗、檢測抗體都是基于蛋白的藥物,都可以應(yīng)用無細胞合成生物的蛋白表達系統(tǒng)生成。”齊浩表示,這些目前算是比較前沿的技術(shù),但還都在轉(zhuǎn)化的過程中。
“除此之外,無細胞合成技術(shù)在工程設(shè)計方面更容易實現(xiàn),通過把生命物質(zhì)剝離純化,可以生成生化試劑。沒有細胞的束縛,這些試劑與現(xiàn)有自動化設(shè)備更容易匹配,因此也更容易在實驗室中形成規(guī)?;a(chǎn)?!饼R浩舉例說,比如通過合成生物技術(shù)合成蛋白需要兩三天時間,用無細胞技術(shù),可能一兩個小時就能完成,可更好地控制蛋白的產(chǎn)量,實現(xiàn)標(biāo)準(zhǔn)化。
“利用無細胞合成生物技術(shù)合成氨基酸,還可以更好地拓展蛋白的功能。比如有些酶,我們把人工合成氨基酸放到酶的核心處之后,酶的活性會提高上百倍上千倍。”齊浩接著說,利用DNA折紙技術(shù),可以制作類似生物分子機器人,這些納米級的機器人可以對另外一些分子進行可控的操作。比如把DNA折成一個盒子,把抗癌的藥物放到盒子中,當(dāng)盒子遇到癌細胞,就會釋放抗癌藥物。這些都拓展了人類對自然的干預(yù)范圍。
“人類要想更好地運用控制這項技術(shù),就要更深入了解細胞中每個分子的特性。雖然無細胞合成生物技術(shù)在實驗室中被廣泛研究,但離真正應(yīng)用于百姓生活中還有一段路要走?!饼R浩預(yù)測,未來無細胞合成生物技術(shù)可能會最先應(yīng)用到醫(yī)藥研發(fā)領(lǐng)域,檢測類產(chǎn)品可能會更快地進行技術(shù)轉(zhuǎn)化。